সোমবার (২৯ মার্চ) দুপুরে বিশ্ববিদ্যালয়ের শহীদ মিলন হলে অনুষ্ঠানিকভাবে ভারপ্রাপ্ত ভিসি অধ্যাপক ডা. রফিকুল আলমের কাছ থেকে তিনি এ দায়িত্ব গ্রহণের মাধ্যমে বিএসএমএমইউর একাদশ উপাচার্য হলেন। এ সময় বিশ্ববিদ্যালয়ের বিভিন্ন বিভাগ ও শিক্ষক কর্মকর্তা-কর্মচারীদের পক্ষ থেকে তাকে শুভেচ্ছা জানানো হয়।
রাষ্ট্রপতি ও বিশ্ববিদ্যালয়ের আচার্য আবদুল হামিদের আদেশপ্রাপ্ত হয়ে আগামী তিন বছরের জন্য তিনি ভিসির দায়িত্বভার নিয়েছেন।
অধ্যাপক শারফুদ্দিন আহমেদ বিএসএমএমইউর কমিউনিটি অফথালমোলজি বিভাগের চেয়ারম্যান হিসেবে কর্মরত ছিলেন। ২০০৯ থেকে ২০১২ সাল পর্যন্ত তিনি বাংলাদেশ মেডিকেল অ্যাসোসিয়েশনের (বিএমএ) সাধারণ সম্পাদক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।